D Session Info

The book was written using R Markdown and was compiled by bookdown package. Here is the session information on the system on which this thesis was compiled:

## ─ Session info ──────────────────────────────────────
##  setting  value                       
##  version  R version 4.1.1 (2021-08-10)
##  os       Arch Linux                  
##  system   x86_64, linux-gnu           
##  ui       X11                         
##  language (EN)                        
##  collate  en_US.UTF-8                 
##  ctype    en_US.UTF-8                 
##  tz       Asia/Chongqing              
##  date     2021-10-11                  
## 
## ─ Packages ──────────────────────────────────────────
##  package              * version    date       lib
##  ade4                 * 1.7-17     2021-06-17 [1]
##  ape                  * 5.5        2021-04-25 [1]
##  aplot                * 0.1.1      2021-09-22 [1]
##  assertthat             0.2.1      2019-03-21 [1]
##  Biobase                2.53.0     2021-05-19 [1]
##  BiocGenerics         * 0.39.2     2021-08-18 [1]
##  BiocManager            1.30.16    2021-06-15 [1]
##  biomformat             1.21.0     2021-05-19 [1]
##  Biostrings           * 2.61.2     2021-08-04 [1]
##  bit                    4.0.4      2020-08-04 [1]
##  bit64                  4.0.5      2020-08-30 [1]
##  bitops                 1.0-7      2021-04-24 [1]
##  bookdown             * 0.23       2021-08-13 [1]
##  bslib                  0.2.5.1    2021-05-18 [1]
##  cachem                 1.0.6      2021-08-19 [1]
##  callr                  3.7.0      2021-04-20 [1]
##  cli                    3.0.1      2021-07-17 [1]
##  cluster                2.1.2      2021-04-17 [1]
##  clusterGeneration      1.3.7      2020-12-15 [1]
##  coda                   0.19-4     2020-09-30 [1]
##  codetools              0.2-18     2020-11-04 [1]
##  coin                   1.4-1      2021-02-08 [1]
##  colorspace             2.0-2      2021-06-24 [1]
##  combinat               0.0-8      2012-10-29 [1]
##  comicR               * 0.2        2020-04-29 [1]
##  conflicted           * 1.0.4      2019-06-21 [1]
##  cowplot              * 1.1.1      2020-12-30 [1]
##  crayon                 1.4.1      2021-02-08 [1]
##  curl                   4.3.2      2021-06-23 [1]
##  data.table             1.14.0     2021-02-21 [1]
##  data.tree            * 1.0.0      2020-08-03 [1]
##  DBI                    1.1.1      2021-01-15 [1]
##  DelayedArray           0.19.1     2021-06-25 [1]
##  desc                   1.3.0      2021-03-05 [1]
##  devout               * 0.2.9      2021-08-10 [1]
##  devtools               2.4.2      2021-06-07 [1]
##  digest                 0.6.27     2020-10-24 [1]
##  downlit                0.2.1      2020-11-04 [1]
##  dplyr                * 1.0.7      2021-06-18 [1]
##  ellipsis               0.3.2      2021-04-29 [1]
##  emojifont            * 0.5.5      2021-04-20 [1]
##  evaluate               0.14       2019-05-28 [1]
##  expm                   0.999-6    2021-01-13 [1]
##  fansi                  0.5.0      2021-05-25 [1]
##  farver                 2.1.0      2021-02-28 [1]
##  fastmap                1.1.0      2021-01-25 [1]
##  fastmatch              1.1-3      2021-07-23 [1]
##  foreach                1.5.1      2020-10-15 [1]
##  fs                     1.5.0      2020-07-31 [1]
##  generics               0.1.0      2020-10-31 [1]
##  GenomeInfoDb         * 1.29.4     2021-08-25 [1]
##  GenomeInfoDbData       1.2.6      2021-05-21 [1]
##  GenomicRanges          1.45.0     2021-05-19 [1]
##  ggbreak              * 0.0.6      2021-09-22 [1]
##  ggfittext              0.9.1      2021-01-30 [1]
##  ggforce                0.3.3      2021-03-05 [1]
##  ggfun                  0.0.4      2021-09-18 [1]
##  gggenes              * 0.4.1      2020-12-10 [1]
##  ggimage              * 0.3.0      2021-09-29 [1]
##  ggnetworx            * 0.99.0     2020-09-18 [1]
##  ggnewscale           * 0.4.5      2021-01-11 [1]
##  ggplot2              * 3.3.5      2021-06-25 [1]
##  ggplotify            * 0.1.0      2021-09-03 [1]
##  ggrepel              * 0.9.1      2021-01-15 [1]
##  ggridges             * 0.5.3      2021-01-08 [1]
##  ggsignif               0.6.2      2021-06-14 [1]
##  ggstance             * 0.3.5      2020-12-17 [1]
##  ggstar               * 1.0.2      2021-04-07 [1]
##  ggtree               * 3.1.5.900  2021-09-29 [1]
##  ggtreeExtra          * 1.3.5.990  2021-08-28 [1]
##  glue                   1.4.2      2020-08-27 [1]
##  gridExtra              2.3        2017-09-09 [1]
##  gridGraphics           0.5-1      2020-12-13 [1]
##  gridSVG              * 1.7-2      2020-04-28 [1]
##  gtable                 0.3.0      2019-03-25 [1]
##  hexbin                 1.28.2     2021-01-08 [1]
##  highr                  0.9        2021-04-16 [1]
##  hms                    1.1.0      2021-05-17 [1]
##  htmltools            * 0.5.2      2021-08-25 [1]
##  htmlwidgets            1.5.3      2020-12-10 [1]
##  httr                   1.4.2      2020-07-20 [1]
##  icon                   0.1.0      2020-09-21 [1]
##  igraph               * 1.2.6      2020-10-06 [1]
##  IRanges              * 2.27.2     2021-08-18 [1]
##  iterators              1.0.13     2020-10-15 [1]
##  jquerylib              0.1.4      2021-04-26 [1]
##  jsonlite             * 1.7.2      2020-12-09 [1]
##  kableExtra           * 1.3.4      2021-02-20 [1]
##  knitr                * 1.33       2021-04-24 [1]
##  labeling               0.4.2      2020-10-20 [1]
##  lattice                0.20-44    2021-05-02 [1]
##  lazyeval               0.2.2      2019-03-15 [1]
##  libcoin                1.0-8      2021-02-08 [1]
##  lifecycle              1.0.0      2021-02-15 [1]
##  magick               * 2.7.3      2021-08-18 [1]
##  magrittr             * 2.0.1      2020-11-17 [1]
##  maps                 * 3.3.0      2018-04-03 [1]
##  MASS                   7.3-54     2021-05-03 [1]
##  Matrix                 1.3-4      2021-06-01 [1]
##  MatrixGenerics         1.5.4      2021-08-26 [1]
##  matrixStats            0.60.1     2021-08-23 [1]
##  memoise                2.0.0      2021-01-26 [1]
##  mgcv                   1.8-36     2021-06-01 [1]
##  MicrobiotaProcess    * 1.5.4.991  2021-08-28 [1]
##  mnormt                 2.0.2      2020-09-01 [1]
##  modeltools             0.2-23     2020-03-05 [1]
##  multcomp               1.4-17     2021-04-29 [1]
##  multtest               2.49.0     2021-05-19 [1]
##  munsell                0.5.0      2018-06-12 [1]
##  mvtnorm                1.1-2      2021-06-07 [1]
##  nlme                   3.1-152    2021-02-04 [1]
##  numDeriv               2016.8-1.1 2019-06-06 [1]
##  patchwork            * 1.1.1      2020-12-17 [1]
##  permute                0.9-5      2019-03-12 [1]
##  phangorn             * 2.7.1      2021-07-13 [1]
##  phylobase            * 0.8.10     2020-03-01 [1]
##  phyloseq             * 1.37.0     2021-05-19 [1]
##  phytools             * 0.7-80     2021-06-03 [1]
##  pillar                 1.6.2      2021-07-29 [1]
##  pkgbuild               1.2.0      2020-12-15 [1]
##  pkgconfig              2.0.3      2019-09-22 [1]
##  pkgload                1.2.1      2021-04-06 [1]
##  plotrix                3.8-1      2021-01-21 [1]
##  plyr                   1.8.6      2020-03-03 [1]
##  polyclip               1.10-0     2019-03-14 [1]
##  prettyunits            1.1.1      2020-01-24 [1]
##  processx               3.5.2      2021-04-30 [1]
##  progress               1.2.2      2019-05-16 [1]
##  proto                  1.0.0      2016-10-29 [1]
##  ps                     1.6.0      2021-02-28 [1]
##  purrr                  0.3.4      2020-04-17 [1]
##  quadprog               1.5-8      2019-11-20 [1]
##  R6                     2.5.1      2021-08-19 [1]
##  ragg                   1.1.3      2021-06-09 [1]
##  RColorBrewer           1.1-2      2014-12-07 [1]
##  Rcpp                   1.0.7      2021-07-07 [1]
##  RCurl                  1.98-1.4   2021-08-17 [1]
##  remotes                2.4.0      2021-06-02 [1]
##  rentrez                1.2.3      2020-11-10 [1]
##  reshape2             * 1.4.4      2020-04-09 [1]
##  rhdf5                  2.37.0     2021-05-19 [1]
##  rhdf5filters           1.5.0      2021-05-19 [1]
##  Rhdf5lib               1.15.2     2021-07-01 [1]
##  rlang                  0.4.11     2021-04-30 [1]
##  rmarkdown            * 2.10       2021-08-06 [1]
##  rncl                   0.8.4      2020-02-10 [1]
##  RNeXML                 2.4.5      2020-06-18 [1]
##  rotl                 * 3.0.11     2020-10-22 [1]
##  rprojroot              2.0.2      2020-11-15 [1]
##  rstudioapi             0.13       2020-11-12 [1]
##  rvcheck              * 0.2.0      2021-08-17 [1]
##  rvest                  1.0.1      2021-07-26 [1]
##  S4Vectors            * 0.31.3     2021-08-26 [1]
##  sandwich               3.0-1      2021-05-18 [1]
##  sass                   0.4.0      2021-05-12 [1]
##  scales               * 1.1.1      2020-05-11 [1]
##  scatterplot3d          0.3-41     2018-03-14 [1]
##  sessioninfo            1.1.1      2018-11-05 [1]
##  shadowtext             0.0.9      2021-09-19 [1]
##  showtext               0.9-4      2021-08-14 [1]
##  showtextdb             3.0        2020-06-04 [1]
##  stringi                1.7.4      2021-08-25 [1]
##  stringr              * 1.4.0      2019-02-10 [1]
##  SummarizedExperiment   1.23.4     2021-08-25 [1]
##  survival               3.2-13     2021-08-24 [1]
##  svglite                2.0.0      2021-02-20 [1]
##  sysfonts               0.8.5      2021-08-09 [1]
##  systemfonts            1.0.2      2021-05-11 [1]
##  testthat               3.0.4      2021-07-01 [1]
##  textshaping            0.3.5      2021-06-09 [1]
##  TH.data                1.0-10     2019-01-21 [1]
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##  Bioconductor                           
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##  CRAN (R 4.1.0)                         
##  local                                  
##  CRAN (R 4.1.0)                         
##  Bioconductor                           
##  CRAN (R 4.1.0)                         
##  CRAN (R 4.1.0)                         
##  CRAN (R 4.1.0)                         
##  CRAN (R 4.1.0)                         
##  CRAN (R 4.1.0)                         
##  CRAN (R 4.1.0)                         
##  CRAN (R 4.1.0)                         
##  CRAN (R 4.1.0)                         
##  CRAN (R 4.1.0)                         
##  CRAN (R 4.1.0)                         
##  local                                  
##  CRAN (R 4.1.0)                         
##  CRAN (R 4.1.0)                         
##  CRAN (R 4.1.1)                         
##  CRAN (R 4.1.0)                         
##  Bioconductor                           
##  CRAN (R 4.1.0)                         
##  local                                  
##  Bioconductor                           
##  CRAN (R 4.1.0)                         
## 
## [1] /home/ygc/R/library
## [2] /usr/lib/R/library