2024年1月份，我们在The Innovation期刊上发表过一篇评述，《文章发表：脑细胞图谱 - 开启神经科学新时代》，主要针对当时在CNS上发表的脑细胞图谱资源进行评述，这些研究为我们深入了解不同物种大脑细胞组织和空间分布、解密大脑提供新的视角。
同年我们又在The Innovation Life上发表了一篇空间转录组的大综述，《文章发表：空间转录组学 - 在多种应用中对跨组织和器官结构的基因转录的计算性见解》，正如标题所写，这篇综述着重在计算性见解，我们对数据分析进行较为系统的综述，对大家分析空间转录组数据是有参考价值的，其次就是在应用层面，包括器官发育、病理过程、肿瘤、脑科学、药物研发等多个方面。
这篇文章发表在Small Methods期刊，《【揭秘脑空间基因密码】南方医科大学余光创团队SMTD：综述解析空间转录组技术突破及其在神经科学的应用》，收录在Small Methods特辑：单细胞与空间转录组学解析组织复杂性。
这个工作，入选《Small Methods》的卷首插图文章。
技术进展
我们首先在技术创新的层面上，梳理了空间转录组技术的发展路径，包括基于成像的技术路线和基于测序的技术路线。
这张图用了我们团队开发的ggbreak和shadowtext两个包来画。
计算工具
阐述了上游预处理，包括组织切片配准和空间坐标校准。下游数据分析，包括细胞类型注释、空间高可变基因识别、细胞通讯以及多切片数据融合等核心算法。这样上下游整个计算分析就比较完整地综述。
脑科学应用
综述了三个方面：
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不同的物种的全脑分子图谱
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多物种的脑发育轨迹
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多脑区疾病研究
论文信息
- Q Wang, H Zhu, L Deng, S Xu, W Xie, M Li, R Wang, L Tie, L Zhan, G Yu*. Spatial Transcriptomics: Biotechnologies, Computational Tools, and Neuroscience Applications. Small Methods. 2025, 9(5):2401107.