在上周五发表了《enrichplot: 让你们对clusterProfiler系列包无法自拔》文章之后,很多人就去尝试了,然后我后台消息就有很多人问“**没有出口”**的问题。

>library(“DOSE”)
DOSE v3.5.1 For help: https://guangchuangyu.github.io/DOSEIf you use DOSE in published research, please cite:
Guangchuang Yu, Li-Gen Wang, Guang-Rong Yan, Qing-Yu He. DOSE: an R/Bioconductor package for Disease Ontology Semantic and Enrichment analysis. Bioinformatics 2015, 31(4):608-609>library(“clusterProfiler”)
错误: package or namespace load failed for ‘clusterProfiler’:
‘namespace:DOSE’没有出口‘dotplot’这个对象
>library(“ReactomePA”)
错误: package or namespace load failed for ‘ReactomePA’:
‘namespace:DOSE’没有出口‘netplot’这个对象
有这样的问题,其实我挺奇怪的。
第一,你升级了DOSE(你自己安装了github版本,或者安装github版本的enrichplot顺带把DOSE给升了),在升级之后clusterProfiler加载有问题,这问题难道不是很明显吗?升级完之后不兼容,难道你不觉得应该试一下把clusterProfiler也升级为github版本吗?
第二,你都试了加载DOSE没问题了,那就不要说DOSE有问题(有很多人后台跟我说DOSE升级了就出错了,一点错都没有),问题明显是clusterProfiler加载时出现的,那么就是clusterProfiler的问题,而这个问题的产生,源自于你升级了DOSE,于是回到第一。
第三,错误说DOSE没有出口dotplot,且不说这中文翻译怪别扭,显然你安装了enrichplot,看了我的文章,那么你应该知道,clusterProfiler现在用了enrichplot中的dotplot,而原先在DOSE中的dotplot已经搬到enrichplot里了,显然你装的clusterProfiler没有相应更新,还去DOSE包中找dotplot,而DOSE已经被你升级了,于是找不到了,难道你不觉得应该回到第一更新一下吗?
⇒ 我觉得大家做科研,这点逻辑还是应该有的!
其实你可以简单地安装github版本的clusterProfiler
devtools::install_github("GuangchuangYu/clusterProfiler")
那么它会更新DOSE,且自动安装enrichplot,啥事都没有。
要么就等五月初Bioconductor发布新版本,那么到时候你安装的发行版就是用enrichplot来可视化的。