clusterProfiler最早的dotplot是用来比较不同实验组的富集结果,而单一的富集分析结果使用barplot来展示,后来有用户feature request,于是dotplot也可以用于单一富集分析结果, barplot柱子的长度可以是基因的数目或者是gene ratio,而颜色可以通过p值来填充,dotplot是类似的,点的位置和颜色与barplot是对应的,但dotplot更好在于,还有点的大小可以编码另外的信息。

library(DOSE)
deg = names(geneList)[abs(geneList) > 1]
do = enrichDO(deg)
dotplot(do, showCategory=20)

点的颜色可以用‘pvalue’, ‘p.adjust’ 或 ‘qvalue’来填充.

dotplot(do, x="count", showCategory=20, colorBy="qvalue")

这个dotplot在clusterProfiler, DOSE, meshes和ReactomePA包中都可以用。

后来又有用户来说想应用于展示GSEA结果,于是又实现了,具体请猛击此处.

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