R语言安装

安装R语言，可从以下链接下载（渲染时自动获取最新版，当前为 R 4.6.1）：

• Windows版本：https://mirrors.hust.edu.cn/CRAN/bin/windows/base/R-4.6.1-win.exe
• Mac（Apple Silicon，macOS 14+）：https://mirrors.hust.edu.cn/CRAN/bin/macosx/sonoma-arm64/base/R-4.6.1-arm64.pkg
• Mac（Intel芯片）：https://mirrors.hust.edu.cn/CRAN/bin/macosx/big-sur-x86_64/base/R-4.6.1-x86_64.pkg

可以使用RStudio或Positron集成环境，获得更好的使用体验：

• https://posit.co/download/rstudio-desktop/
• https://positron.posit.co/download.html

另外推荐 Rho，这是余光创团队开发的一个R语言AI工作台，详见介绍文章。

设置R包镜像，以便快速安装R包。推荐使用华中科大镜像：

options(repos = c(CRAN = "https://mirrors.hust.edu.cn/CRAN/"))

安装R包yulab.utils，它提供了pload()函数，可以方便后续（安装）加载R包。

pload()的逻辑是：

• 如R包已安装，直接加载
• 如R包未安装，则先（询问）安装再加载

install.packages('yulab.utils')

安装R包BiocManager，这个R包在安装Bioconductor包时会用到。

install.packages("BiocManager")

yulab.utils软件包中提供了pload()函数，可以方便后续（安装）加载R包。

pload()的逻辑是：

• 如R包已安装，直接加载
• 如R包未安装，则先（询问是否安装，选择1）安装再加载

设置Bioconductor镜像，以便快速安装R包。推荐使用中科大镜像：

options(BioC_mirror = "http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc")

如果是低版本的R用到旧版本的Bioc，则可以使用西湖大学的镜像：

options(BioC_mirror = "https://mirrors.westlake.edu.cn/bioconductor")

R镜像测速，可使用mirrorselect包。

安装Rtools:

一些R软件包有搭配C、C++、Fortran等语言进行开发的情况下，对于Windows与Mac系统，CRAN与Bioconductor平台一般会提供已经编译好的安装包，但是在版本发布初期（Bioconductor每半年一次，一般是5月与10月底左右）可能没有及时提供最新编译版本。这时候在Windows或者Mac系统下就可能需要Rtools软件进行本地编译安装相应的依赖包。（Rtools提供了gcc, g++, make等编译环境，且与R版本经常绑定, 即需要根据安装的R版本选择相应的Rtools版本进行安装）。

Rtools的命名与R主版本对应（R 4.5对应Rtools45，R 4.6对应Rtools46，以此类推）。可到 https://mirrors.hust.edu.cn/CRAN/bin/windows/Rtools/ 进入对应版本的子目录，在其中的files/文件夹下选择下载安装程序（以上均为Windows版本）。新版本R刚发布时，对应的Rtools可能尚未编译发布，可先安装仍提供Rtools的上一个R版本。

对于Linux系统则不需要安装Rtools，因为其可以使用系统提供的编译环境进行编译安装。