生物信息学上机练习

练习总入口

这里汇总课程配套的上机练习。请根据课程进度选择相应模块；每个模块都是独立的 Quarto 页面，点击标题即可进入。

Note使用说明

• 先完成 R 语言安装，再开始其他练习。
• 练习页面中的代码可以直接复制到 R、RStudio、Positron 或 Rho 中运行。

练习目录

练习	内容
R 语言安装	安装 R、RStudio/Positron，以及 CRAN 和 Bioconductor 软件包
R 语言与数据可视化	数据结构、缺失值、数据整理、函数、apply 家族与 ggplot2
进阶练习：K-means 聚类	K-means 算法、肘部法则、PCA 降维聚类、结果稳定性检验
转录组分析	SummarizedExperiment、PCA、差异表达、富集分析与可视化
蛋白质组与蛋白质分析	蛋白序列、基本属性、互作网络、功能富集与质谱定量
蛋白质结构建模	蛋白序列与结构模型的基础练习
细胞色素 c：序列比对与系统发育分析	两两比对、多序列比对、距离矩阵、NJ 树与 ML 树

各练习页面中的数据文件与代码位于对应子目录；渲染后的 HTML 页面也保存在对应目录中。