YuLab发布坐标轴截断R包:ggbreak

坐标轴截断在生物医学论文中,是一种处理Figure的常用手段,由于数据的分布不呈现正态,有些数据特别大,而大部分的数据又比较小,这样画出来的图没法看,如果数据是呈现log normal分布的话,可以通过对数转换来解决,但数据不一定符合某种分布,通过数据转换不一定能解决问题,有时候数据只是单纯有些outliers而已。比如在系统发育树上,如果我们引入一个外类分支(outgroup),这个外类分支的支长就可能特别长(当然系统发育树本身可能某种原因也会有分支特别长的情况),这样对可视化带来很大的问题,树的整体会因为特别长的分支被压缩到无法看清主体的树结构。这种情况在别的图形中也是可能出现的,截断是一种很好的解决方案。

截断图如果通过操作数据来达到目标是不可取的,因为它只能针对简单的图,诸如柱状图等,对于复杂的图,因为数据变了,图就会变。所以最好的方法就是在原图上设置窗口,把中间要截掉的那块拿走,然后拼在一起,借由拿走的那块,为图的细节部分增加空间,所以本质上是拼图,而且使用拼图,对任何图形都可适用。

别人的解决方案都是简单粗暴地拼图,一拼图就死了,没拼之前,你可以继续加图层,但你看不清楚细节部分,你把图画出来一看,看不清楚你自己加的图层效果怎么样(比如说柱状图上加标记p值)。你截断图之后,看是看得清了,但你没法再加图层了,因为图被搞死了。

针对这样的问题,我们开发了ggbreak包,图一画,有outlier,先截断,然后在看清楚细节的情况下,可以继续用ggplot2的语法,继续搞事。