生物信息学软件很多都死在故纸堆里，发表文章之后，就走向毁灭，这叫publish and perish。clusterProfiler之所以能够成功，因为我对它充满感情，10年如一日地维护，而且自2012年发表一篇文章以来，虽然软件一直在更新，但我一直没有再发一版。时隔9年，我终于再写一版，而且是把论文写在祖国大地上，clusterProfiler 4.0发表在中科院青促会主办的期刊The Innovation 😍 。这是对我过去10年的维护更新的一次总结，你看之前的文章的话，很多功能你是不知道的，而且确实很多用户不清楚，这是所有clusterProfiler用户必读的一篇文献。
clusterProfiler4.0同步支持最新版GO和KEGG数据，支持数千物种的功能分析，应对不同来源的基因功能注释（如cell markers, COVID-19等）提供了通用的分析方法，适用各类组学数据（RNA-seq, ChIP-seq, Methyl-seq, scRNA-seq…）。新版本尤其实现多组数据间自由比较，如不同条件、处理等，并内置系列流行辅助工具，如数据处理包dplyr、可视化包ggplot2等，方便分析人员用熟悉的方式自由探索，实现数据高效解读。目前，clusterProfiler已被整合进超过30个的同行分析软件中，助力不同场景下的功能分析，相信clusterProfiler4.0未来将发挥更大的作用，助力研究者更高效地解读生物医学数据及建立更可靠的机制假说。
- T Wu#, E Hu#, S Xu, M Chen, P Guo, Z Dai, T Feng, L Zhou, W Tang, L Zhan, X Fu, S Liu, X Bo*, G Yu*. clusterProfiler 4.0: A universal enrichment tool for interpreting omics data. The Innovation. 2021, 2(3):100141.
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文章于2021年8月24日被cell主页选为banner：
