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Dec 2024: 余光创在南方医科大学2024年师德征文及微视频征集活动中获得师德征文二等奖。
Dec 2024: IOBR 2.0发表在Cell Reports Methods期刊。
Nov 2024: 高校教师教学组织和教学发展体系建设研究项目“生物信息学知识图谱构建与应用研究”立项,余光创为主要成员之一。
Nov 2024: 余光创引用超过5万次(数据来自谷歌学术)。
Nov 2024: 余光创受邀为布朗大学(Brown University,八所常春藤盟校之一)数学计算与实验研究所(ICERM)的学期项目研讨会(Semester Program Workshop)“Algorithmic Advances and Implementation Challenges: Developing Practical Tools for Phylogenetic Inference” 授课。
Nov 2024: 余光创入选2024年度全球高被引学者。
Nov 2024: 刘纯海加入课题组。
Nov 2024: 恭喜唐文丽获得硕士研究生国家奖学金补充计划。
Nov 2024: 王倩雯、王芮、廖俞凡获得第二届Bio-OS开源开放大赛任务挑战赛三等奖。
Nov 2024: 恭喜邓琳获得硕士研究生国家奖学金。
Oct 2024: 文章Thirteen years of clusterProfiler,在The Innovation在线发表。
Oct 2024: 恭喜徐双斌通过骨干教师引进生物信息学系工作。
Oct 2024: 综述文章:Spatial Resolved Transcriptomics: Computational Insights into Gene Transcription Across Tissue and Organ Architecture in Diverse Applications,在The Innovation Life发表。
- The Innovation官方公众号报道文章:The Innovation Life | 空间转录组数据解析:细胞群体空间特征推动发育、癌症和药物研究
Oct 2024: 恭喜罗晓获得硕士研究生国家奖学金。
Sep 2024: 余光创参编的“101计划”核心教材基础医学领域《基于理工信的医学数据采集与分析》由北京大学出版社出版。
Sep 2024: 恭喜徐双斌顺利通过博士后出站答辩,朱鸿远、廖俞凡、王芮和邓琳通过研究生开题报告。
Sep 2024: 余光创入选全球前2%顶尖科学家榜单 (World’s Top 2% Scientists)
- 终身科学影响力(career-long impact)排行榜:全球排名23105
- 年度科学影响力(single recent year impact)排行榜:全球排名472,中国排名17
- 生物信息领域中国学者终身科学影响力和年度科学影响力排名均为第一
- 生物信息领域年度科学影响力全球排名第6
- 南方医科大学学校新闻:9+68!我校多名学者入选2024年全球前2%顶尖科学家榜单
- 南方医科大学公众号报道:我校多名学者入选2024年全球前2%顶尖科学家榜单
Sep 2024: 余光创获得南方医科大学第十五届“南医优秀教师”称号
Aug 2024: tigeR包发表在iMeta期刊,恭喜陈逸豪(2019级生信本科,协和研一)。
- iMeta官方公众号报道:iMeta | 左志向/张迪/余光创-开发肿瘤免疫治疗转录组数据分析R包tigeR
- 热心肠研究院报道:左志向/张迪/余光创开发tigeR:肿瘤免疫治疗基因表达数据分析R包
Aug 2024: 综述文章:Bioinformatics Software Development: principles and future directions,在The Innovation Life发表。
- The Innovation官方公众号报道文章:The Innovation Life | 生物信息学软件开发的基本原则与未来发展趋势
Aug 2024: 综述文章:Computational modeling for medical data: from data collection to knowledge discovery,在The Innovation Life发表,恭喜徐双斌。
Jul 2024: fanyi包在Chinese Medical Journal发表,恭喜王荻霏(临床医学本科生)。
Jul 2024: clusterProfiler在Nature Protocols发表,恭喜徐双斌、谢子敬和罗晓。
- 入选为Nature Protocols期刊的Feature Protocol
- 受邀在Springer Nature Research Communities的“Behind the Paper”栏目分享该论文的研究经历
- 热心肠研究院报道:余光创Nature子刊:使用clusterProfiler可解析多组学数据
- 南方医科大学基础医学院网站及公众号报道文章
Jul 2024: 余光创受邀请在香港大学Croucher Summer Course: Virus evolution and epidemiology讲授ggtree。
Jul 2024: 2024年前沿创新大会,颁发多个奖项,余光创获得Best Reviewer奖项,团队文章荣获Best Paper, Most Read, Most Download三个奖项。
Jun 2024: 余光创获得2024年广东省研究生教育创新计划项目资助(项目批准号:2024SFKC_019);立项类型:研究生示范课程;项目名称:生物信息学。
May 2024: 我校入选教育部“101计划”生物信息学虚拟教研室,王倩雯作为代表接受授牌。
May 2024: CCF(中国计算机学会)开源创新大赛暨第二届Bio-OS开源开放大赛在我校启动,余光创主持开幕式,会议同时成立了【南方医科大学Bio-OS开源俱乐部】。
May 2024: 恭喜谢汶琴、李林顺利通过毕业答辩。
May 2024: 余光创带领生物信息学系21级学生参观广州国家实验室。
May 2024: 📝 Decoding the Brain: Unveiling Comprehensive Cellular Atlases through Multiomics Mega Data 发表在The Innovation期刊,恭喜王倩雯。
Apr 2024: 雷峰网访谈:专访南医大生信系主任余光创:没有哪个专业绝对优越,生信人做好「工具人」也不简单
Apr 2024: 陶绍国(客座学生,广州医科大学)加入课题组。
Apr 2024: 📝 Encoding biological metaverse: Advancements and challenges in neural fields from macroscopic to microscopic 发表在The Innovation期刊。
Apr 2024: 📝 Gut microbiome and metabolome to discover pathogenic bacteria and probiotics in ankylosing spondylitis 发表在Frontiers in Immunology期刊,唐文丽为共同第一作者。
Mar 2024: 🎉 余光创入选爱思唯尔2023年中国高被引学者,连续4年入选。
Mar 2024: 📝 “通过系统发育方法来解析肿瘤演化”,综述文章发表于Journal of the National Cancer Center期刊(Links: article,JNCC癌症科学进展公众号报道),恭喜李林。
Feb 2024: 📝 用于探索时间和其它发育信号的软件包ShinyTempSignal发表于Journal of Genetics and Genomics期刊 (Links: article, JGG遗传学报公众号报道),恭喜詹历、罗晓、谢玟琴和朱炫安(2018级生信本科生,广工研一)。
Feb 2024: 📝 用于快速进行放置序列更新系统发育树的工具TIPars发表在PLOS Computational Biology期刊,余光创为共同第一作者。
Jan 2024: 📝 发表一篇专刊Single-Cell and Spatial-Omics in Delineating Immune-Related Diseases的Editorial文章,恭喜温少迪。
Jan 2024: ggmsa: a visual exploration tool for multiple sequence alignment and associated data. Briefings in Bioinformatics. 2022, 23(4):bbac222 入选ESI高被引论文。
Dec 2023: 陆军军医大学刘迪博士生到本课题组进修。
Nov 2023: 🎉 余光创入选全球高被引科学家,南方医科大学十年来实现零突破。
Nov 2023: 李俊睿(八年制临床医学)加入课题组。
Nov 2023: 恭喜周烺获得2023年硕士研究生国家奖学金。
Oct 2023: 余光创入选全球前2%顶尖科学家榜单(World’s Top 2% Scientists)“终身科学影响力”(career-long impact)(全球排名36188)和“年度科学影响力”(single recent year impact)排行榜(全球排名744)。生物信息领域中国地区学者终身科学影响力排名第3,年度科学影响力排名第1。
Sep 2023: 余光创受邀Wiley科研访谈
Sep 2023: 通过Google Summer of Code (GSoC,谷歌代码之夏) 指导Jigyasa Gupta进行clusterProfiler的开发,以支持Pathway Commons。
- GSoC’23 @ NRNB : Week 1 Experience
- GSoC’23 @ NRNB : Getting the data
- GSoC’23 @ NRNB : Week 3 (Data Extraction)
- GSoC’23 @ NRNB : Week 4 ( Data Extraction and Preparation)
- GSoC’23 @ NRNB : Week 5 (Over-Representation Analysis)
- GSoC’23 @ NRNB : Week 6 (Gene Set Enrichment Analysis)
- GSoC’23 @ NRNB : ssGSEA in clusterProfiler
Sep 2023: 🌹 朱鸿远(博士生)加入课题组。
Aug 2023: 🌹 温少迪(博士生)通过联合培养加入课题组。
Jul 2023: 博士后徐双斌在第一届CGM线下沙龙做学术报告。
Jul 2023: 佛山市第一人民医院郑慧敏博士后到本课题组进修。
Jun 2023: 🌠🎉 恭喜唐文丽荣获南方医科大学2023届“优秀毕业研究生”荣誉称号。
Jun 2023: 📝🎉 通过微生物组预测代谢物的软件包MMINP发表于Gut Microbes期刊 (Links: article,恭喜唐文丽
Jun 2023: 🎉 2022年影响因子发布,The Innovation期刊获得首个影响因子 (32.1,11月校正后为33.1),课题组发表的文章 为期刊的影响因子贡献了9+分。
May 2023: 余光创在2023肠道大会iMeta作者论坛上作特邀报告(PPT)。
May 2023: 🎉 恭喜吴天志顺利通过博士生答辩,恭喜郭平凡和唐文丽顺利通过硕士生答辩。
May 2023: 余光创在第九届全国计算生物与生物信息学大会上作特邀报告。
Apr 2023: 余光创在首届TICSSO国际单细胞及空间组学大会上作报告,并主持分论坛5(单细胞科研探索创新论坛)。
Apr 2023: 🌹 祝贺王芮和邓琳两位同学成功上岸,加入课题组。
Mar 2023: 祝贺《R实战:系统发育树的数据集成操作及可视化》预售当日飙升京东计算机与互联网畅销书TOP 1,首印3000册两日内脱销。
Mar 2023: 🎉 余光创入选爱思唯尔2022年中国高被引学者(证书)
Mar 2023: 🌹 刘秉东(博士后)通过联合培养加入课题组。
Mar 2023: 🌹 祝贺廖俞凡(初试第一名)通过研究生第一轮复试,加入课题组。
Mar 2023: 📝🎉 用于微生物组的软件包MicrobiotaProcess发表于The Innovation期刊 (Links: article, TheInnovation创新公众号报道),恭喜徐双斌。
Feb 2023: 📝🎉 专刊《Computational and systematic analysis of multi-omics data for drug discovery and development》发表编委社论文章,成功收关。
Jan 2023: 余光创申请的教学项目,“应用型生物信息学专项人才培养计划(特色班)”,获得2022年广东省高校教学质量与教学改革工程建设项目立项。
Jan 2023: 🎉 陈玫君被录取为硕博连读研究生。
Dec 2022: 软件著作权获批:
- “多序列比对和相关数据的可视化探索工具–ggmsa软件[简称:ggmsa]1.2.3”(软著登字第10529672号)。
Nov 2022: 软件著作权获批:
- “GeoTcgaDat软件[简称:GeoTcgaData]1.1.1”(软著登字第10523614号)。
Oct 2022: 两项软件著作权获批:
- “基于图形语法的和弦图可视化软件包-ggcircos软件[简称:ggcircos]V1.0”(软著登字第10352956号)
- “MOBEx–多组学整合探索生物标记物云平台[简称:MOBEx]V1.0”(软著登字第10352924号)
Oct 2022: 📝🎉 clusterProfiler4.0版本(link)引用过千,这也是The Innovation期刊首篇引用过千的文章,同时也是YuLab以南方医科大学为通讯单位所发表的文章中首篇引用过千的文章。
Oct 2022: 恭喜戴泽翰博士顺利通过博士后答辩!
Oct 2022: 📝🎉 使用ChIPseeker分析表观组学数据的protocol文章发表在Current Protocols期刊,(link),恭喜王倩雯和利铭。
Oct 2022: 余光创入选全球前2%顶尖科学家榜单(World’s Top 2% Scientists)“终身科学影响力”(career-long impact)和“年度科学影响力”(single recent year impact)排行榜(link 1 & 2)。
- 年度科学影响力全球排名: 1386
Oct 2022: 恭喜吴天志获得博士研究生国家奖学金。
Sep 2022: 提出用于系统发育树及相关数据存储与可视化的数据结构,文章发表于iMeta期刊 (Links: article, iMeta公众号报道),恭喜徐双斌。
Sep 2022: 🌹 欢迎利铭和罗晓加入YuLab,两人均通过推免进入本课题组。
Aug 2022: 余光创发表专著《Data Integration, Manipulation and Visualization of Phylogenetic Treess (1st edition)》,由Chapman and Hall/CRC出版社出版 doi: 10.1201/9781003279242。
Aug 2022: 博士后徐双斌通过南方医科大学珠江医院入站。
Aug 2022: 课题组基于公共测序数据,挖掘铜绿假单胞菌的毒素-抗毒素系统,成果发表在Fontiers in Microbiology期刊 (link),恭喜戴泽翰。
Aug 2022: 课题组基于癌症干性识别索拉非尼的耐药机制,成果发表在Frontiers in Oncology期刊 (link),恭喜冯婷泽、吴天志和周烺。
Jul 2022: 🌠🎉 恭喜冯婷泽和周烺荣获南方医科大学2022届“优秀毕业研究生”荣誉称号。
Jul 2022: ggmsa包实现了多种可视化方法用于探索多重序列比对结果,并可与ggtree对接使用,成果发表在Briefings in Bioinformatics期刊 (link),恭喜周烺和冯婷泽。
Jun 2022: 团队第一批研究生毕业,恭喜徐双斌获得博士学位,恭喜冯婷泽和周烺获得硕士学位。
May 2022: 可视化专刊Biomedical Data Visualization: Methods and Applications 15篇文章,形成电子书集合,可在专刊主页下载。
Apr 2022: 为可视化专刊Biomedical Data Visualization: Methods and Applications发表一篇Editorial文章,恭喜吴天志。
Apr 2022: 余光创入选爱思唯尔2021年中国高被引学者(证书)。
Mar 2022: 余光创荣获南方医科大学2020学年教学优秀一等奖。
Jan 2022: 恭喜陈玫君在2020-2021学年评优中,荣获“优秀研究生”和“优秀研究生骨干”荣誉称号。
Jan 2022: 恭喜唐文丽在2020-2021学年评优中,荣获“优秀研究生”荣誉称号。
Jan 2022: 恭喜徐双斌荣获第四届“南方医科大学基础医学学术年会-青年优秀论文评选”优秀奖。
Dec 2021: clusterProfiler 2012年发表在OMICS上的文章,被中国科学技术信息研究所列为“2011-2021我国高被引论文中被引次数最高的10篇国际论文”(来源:2021年中国科技论文统计报告)。
Dec 2021: 恭喜陈玫君在2021年南方医科大学实验室安全微视频创作大赛中荣获二等奖。
Nov 2021: ggbreak包实现了与ggplot2语法无缝衔接的坐标轴截断功能,发表在Frontiers in Genetics期刊 (link), 恭喜徐双斌和陈玫君。
Oct 2021: 余光创入选全球前2%顶尖科学家榜单(World’s Top 2% Scientists)“终身科学影响力”(career-long impact)和“年度科学影响力”(single recent year impact)排行榜(link)。
- 年度科学影响力全球排名: 3985
Oct 2021: 三年级硕士生周烺在Bioconductor亚洲区年会的Workshop环节介绍使用ggmsa可视化和探索多重序列比对。
Oct 2021: 恭喜徐双斌和郭平凡分别获得博士、硕士研究生国家奖学金。
Sep 2021: ggtreeExtra包在环形布局上实现了多维数据的整合可视化,发表在Molecular Biology and Evolution期刊 (link), 恭喜徐双斌。
Sep 2021: 🌹 欢迎李林、谢子敬和谢汶琴加入YuLab。恭喜汶琴获得推免生奖学金。
Aug 2021: clusterProfiler发布4.0版本,文章发表于The Innovation期刊 (Links: article, TheInnovation创新公众号报道),恭喜吴天志。
Jun 2021: 陈玫君同学参加南方医科大学学生抗疫服务队,支援广州市白云区大规模核酸采样。
Jun 2021: 课题组开发的检索新冠疫情的nCov2019包发表在PeerJ期刊上(link),恭喜吴天志。
May 2021: 课题组公众号“YuLabSMU”入选2020年度科研团队公众号Top10。
Apr 2021: 余光创入选爱思唯尔2020年中国高被引学者(证书)。
Dec 2020: 余光创于2017年发表在Methods in Ecology and Evolution上的ggtree文章,入选MEE期刊创刊十周年10篇代表作。
Oct 2020: 余光创入选全球前2%顶尖科学家榜单(World’s Top 2% Scientists)中的“年度影响力”榜单。
- 年度科学影响力全球排名: 25372
Oct 2020: 余光创受邀请在Bioconductor亚洲区年会上做专题报告,介绍系统发育数据整合与可视化方面的工作;二年级博士生徐双斌在Workshop环节介绍使用课题组开发的MicrobiotaProcess分析宏基因组数据。
Sep 2020: 🌹 欢迎吴天志、唐文丽、陈玫君和詹历加入YuLab。
Mar 2020: 受William Pearson教授的邀请,在Current Protocols in Bioinformatics期刊上发表ggtree文章,通过实例介绍ggtree的使用 (link)
Feb 2020: treeio包解决系统发育树及相关数据的输入与输出问题,成果发表在Molecular Biology and Evolution期刊 (link)。
Jan 2020: 《Stem Cell Transcriptional Networks》第二版出版,余光创撰写了其中的第十一章《Gene Ontology Semantic Similarity Analysis Using GOSemSim》(link)。
Sep 2019: 🌹 YuLab有了第一批研究生,欢迎徐双斌、周烺、冯婷泽和郭平凡。欢迎博士后戴泽翰。
Jan 2019: 余光创受邀,为南丹麦大学博士生课程,BMB209: Workshops in Applied Bioinformatics,授课。
Dec 2018: 提出两种通用的方法用于系统发育相关数据的整合与可视化,发表在Molecular Biology and Evolution期刊 (link)。
Sep 2018: 🚀✨🎉 余光创以第三层次人才引进到南方医科大学。Hello YuLab!