文章发表:clusterProfiler 4.0 -- The Innovation

生物信息学软件很多都死在故纸堆里,发表文章之后,就走向毁灭,这叫publish and perish。clusterProfiler之所以能够成功,因为我对它充满感情,10年如一日地维护,而且自2012年发表一篇文章以来,虽然软件一直在更新,但我一直没有再发一版。时隔9年,我终于再写一版,而且是把论文写在祖国大地上,clusterProfiler 4.0发表在中科院青促会主办的期刊The Innovation 😍 。这是对我过去10年的维护更新的一次总结,你看之前的文章的话,很多功能你是不知道的,而且确实很多用户不清楚,这是所有clusterProfiler用户必读的一篇文献。

clusterProfiler4.0同步支持最新版GO和KEGG数据,支持数千物种的功能分析,应对不同来源的基因功能注释(如cell markers, COVID-19等)提供了通用的分析方法,适用各类组学数据(RNA-seq, ChIP-seq, Methyl-seq, scRNA-seq…)。新版本尤其实现多组数据间自由比较,如不同条件、处理等,并内置系列流行辅助工具,如数据处理包dplyr、可视化包ggplot2等,方便分析人员用熟悉的方式自由探索,实现数据高效解读。目前,clusterProfiler已被整合进超过30个的同行分析软件中,助力不同场景下的功能分析,相信clusterProfiler4.0未来将发挥更大的作用,助力研究者更高效地解读生物医学数据及建立更可靠的机制假说。

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文章于2021年8月24日被cell主页选为banner: